农业防治：选择抗病品种，从无病株上留种，播种前进行苦瓜种子消毒，播种后用药土做覆盖土，移植前喷洒除虫灭菌剂。幼苗移栽后喷施新高脂膜，防止地上水分蒸发，隔绝病虫害，缩短缓苗期，快速适应新环境。高温干旱时经常浇水，提高田间湿度，减轻蚜虫为害与传毒；喷施增产菌、多效好或新高脂膜等生长促进剂，或喷施磷酸二氢钾、黑皂或洗衣皂混合液1：1：250倍液，5-7天1次，连喷4-5次。
药剂防治：发病初期用5%菌毒清200-300倍液加入新高脂膜500倍液喷洒1-2次，有一定效果。防治苦瓜病毒病，目前尚无根治药剂，只能防止病毒进一步扩展。其一是治好虫，防止病毒借蚜虫和温室白粉虱传播，可选用25%阿克泰水分散粒剂6000-8000倍液、70%艾美乐水分散粒剂10000-15000倍液、5%啶虫咪乳油2500-3000倍液，加入新高脂膜500倍液，重点喷叶背和生长点部位。其二是喷洒病毒钝化剂，如用20%病毒A可湿性粉剂400-600倍液，增强植株对病毒的抵抗力及耐病性。
苦瓜病毒病防治措施：一是选好品种育好苗。二是做好棚内消毒和棚外除草，尤其是多年生杂草，消除病毒病传播源头。三是做好棚室设施的物理防护，确保棚膜没有破损，通风口全部设置高目数防虫网，避免外界传毒害虫进入传播病毒。
