赤霉病主要为害穗部，但在小麦生长各个阶段都能受害。苗期侵染引起苗腐，中后期侵染引起杆腐和穗腐，尤以穗腐危害最大。一般扬花期侵染，灌浆期显症，成熟期成灾。赤霉病侵染初期在小穗和颖片上出现水渍状褐斑，后逐渐扩展到整个小穗，病小穗随即枯黄，发病后期在小穗基部出现粉红色胶质霉层。主要引起苗枯、穗腐、茎基腐和秆腐，从幼苗到抽穗都可受害，其中影响最严重是穗腐。
苗腐是由种子带菌或土壤中病残体侵染所致。先是芽变褐，然后根冠随之腐烂，轻者病苗黄瘦，重者死亡，枯死苗湿度大时产生粉红色霉状物（病菌分生孢子和子座）。赤霉病是真菌病害，可以侵染小麦的各个部位，但在长江中下游麦区主要侵染穗部，症状是穗腐。在小麦开花至乳熟期，小穗颖片出现水渍状淡褐色斑点，进而扩展到全穗。气候潮湿时，感病小穗的基部出现粉红色胶黏霉层，后期产生煤屑状黑色颗粒。红色霉层是病菌的分生孢子座和分生孢子，黑色颗粒是病菌的子囊壳。
赤霉病的流行主要因菌源量、寄主感病、生育期和气候条件的相互配合程度，决定年度间、地区间流行轻重。在长江中下游、长江以南、黄淮海平原、西北和东北春麦区，一般只要初侵染菌源量大，小麦抽穗扬花期间降雨多，雨日多，湿度大，病害就可以流行。有利于发病的环境持续时间愈长，则病害流行愈重。菌源量少与感病期气候干旱、少雨是制约病害流行的主导因素。但是，部分麦区和个别年份，也会因小麦抽穗扬花期间温度特别低，不适合发病，所以，温度也能成为制约病害流行的主导因素。
