作物连作会带来多种危害，主要包括以下几点：
一、作物自毒作用。某些作物通过地上部分淋溶、根系分泌和残茬腐解释放物质，抑制同茬或下茬作物的生长。
二、土壤有益微生物减少、有害微生物增加。连作形成的特殊土壤环境抑制了固氮菌、根瘤菌等有益微生物的生长，导致有害微生物大量滋生。
三、土壤性质变坏，次生盐渍化及土壤酸化严重。过量施用化学肥料和未腐熟的有机肥，导致土壤盐分积累。
四、线虫危害。线虫破坏作物根系，影响正常生长，且防治难度大。
五、病虫害严重。连作导致残留根系、茎秆和叶片积累，病虫害越夏越冬，危害加剧。土传病害和地下害虫如蛴螬、金针虫等发生率增加。
连作还会影响土壤的理化性状，降低肥效，加速某些营养元素的消耗，形成养分偏失，并积累有毒的根系分泌物，引起作物自身“中毒”。