有机肥在土壤中能提供作物所需的营养成分和各种有益元素，促进土壤中微生物的繁育，以及新开垦土地的熟化进程。它改良土壤、培肥地力，有效改善土壤理化状况和生物特性，熟化土壤，增强土壤的保肥供肥能力和缓冲能力。有机肥有效期长，肥力持久，缓和，无污染，是生产有机、绿色和无公害食品的优质肥料。它含有多种微量元素，增加土壤有机质含量，疏松土壤，改良土壤，形成高标准农田，是化肥使用到顶后唯一能继续提高产量的重要和必须肥料。有机肥不会造成环境的污染，且充分利用可起到保护环境的作用，减少因生产化肥造成的能量消耗，并能有效促进植物生长，减少生活垃圾。
有机肥在发酸分解过程中能产生热，提高地温，有利于土壤微生物的活动，有利于根系成长。它改良土壤，调节土壤酸碱度，增强土壤蓄水保肥能力。有机肥与化肥混合施用，可以充分发挥化肥的增产作用。有机肥能提供多种营养，满足作物在生育中后期对养分的需求，改善土壤结构，破除土壤板结，让松散的砂土得以聚集，为作物创造良好的生长条件。它还能缓解重茬危害，消除土壤中的某些毒害物质，减轻重茬危害，提高作物产量，如让大豆的产量增加10-20%左右，土壤越贫瘠增产效果越明显。
使用有机肥料，可以增加土壤友谊微生物，提高微生物活性，增加土壤有机质含量，提高肥料利用率，改善土壤团粒结构，进而提高产量。有机肥中的有益微生物发挥着重要作用，可以改善农产品品质，减轻农作物病害。有机肥中含氨基酸等物质，除含氮、磷、钾等养分外，还含有多种糖类，氨基酸，不仅可为作物提供营养，而且可以促进土壤微生物的活动。有机肥料还含有多种微量元素，如畜禽粪便每100千克中含硼2.2～2.4克，锌2.9～29.0克，锰14.3～26.1克，钼0.3～0.4克，有效铁2.9～29.0克。有机肥和化肥配合施用增产效果显著，而且能改善产品的品质，使蔬菜中硝酸盐、亚硝酸盐含量降低，维生素C含量提高，增加瓜果中的含糖量。
有机肥有利于土壤养分比例平衡，有利于作物对土壤养分的吸收和利用，杜绝土壤养分失衡。有了充足的有机质土壤中的有益微生物得以生存和扩繁，同时有益微生物在作物根系形成优势菌群保护了作物根系免受有害病菌的侵扰，从一定程度上减轻了作物根系病害的发生。增加土壤生物活性，变废为宝减少了生活垃圾。
