猝倒病、立枯病是辣椒苗期主要病害。发病初期可用75%百菌清可湿性粉剂800倍液、70%百德富可湿性粉剂500～700倍液等防治。地下害虫(地老虎、蛴螬等)主要为害近地面的茎部，使整株死亡。辣椒的病害包括猝倒病、立枯病、辣椒炭疽病、辣椒疫病、青枯病、病毒病、叶枯病、根腐病、疮痂病、细菌性叶斑病、软腐病、茎基腐病、菌核病、脐腐病、日灼病、白粉病和灰霉病等。虫害有烟青虫、棉铃虫。辣椒育苗预防主要病虫害：猝倒病、立枯病、灰霉病。田间主要病害有：病毒病、疫病、灰霉病、枯萎病、炭疽病、疮痂病。苗床主要虫害有：蚜虫、地老虎、黄守瓜等。田间主要虫害有：蚜虫、地老虎、蓟马、棉铃虫、螨虫、潜叶蝇。辣椒一生经历了萌发期、苗期、开花结实期。特别是苗期管理不当，会造成严重的病虫害，如疫病、猝倒病、灰霉病等。
灰霉病多发生在辣椒育苗后期。幼苗感病大多从叶尖开始腐烂，后呈“V”字形向叶内扩展，病斑呈茶褐色。茎部发病时产生褐色不规则病斑，幼苗自病部折断死亡，潮湿环境长出灰色霉状物。猝倒病主要危害苗期，茎基部出现水渍状病斑，短时间内变为黄褐色，病部组织腐烂，干枯凹陷，缢缩呈线状，后植株倒伏地面。初期仅个别苗发病，形成中心病株，然后病菌由雨水、农事活动传染。遇高湿天气，病残体表面及附近土壤长出白色棉絮状霉。立枯病刚出土幼苗及田间定植的大苗均能受害，一般多发生在育苗中后期。患病苗茎基部出现暗褐色病斑，呈椭圆形，明显凹陷。发病初期病苗白天萎蔫，早晚恢复正常。后病斑逐渐凹陷扩大，绕茎一周，收缩干枯死亡。站立枯死和淡褐色丝状霉是识别该病的主要依据。
