在发病初期可喷淋或浇灌50%多菌灵可湿性粉剂600倍液、40%多·硫悬浮剂600倍液、50%甲基硫菌灵可湿性粉剂500倍液、70%可杀得可湿性微粒剂500倍液、50%消菌灵可溶性粉剂600倍液,每隔5~7天防治1次,连续灌2~3次。定植时可用恶霉灵可湿性粉剂1500~2000倍液、抗枯灵可湿性粉剂600~700倍液浸根10~15分钟进行预防。发病初期还可喷洒或浇灌50%甲基硫菌灵·硫磺悬乳剂800倍液、50%根腐灵可湿性粉剂800倍液、50%杀菌王水溶性粉剂1000倍液、50%地灵可湿性粉剂800倍液、50%甲基托布津可湿性粉剂500倍液、10%双效灵水剂200~300倍液、75%敌克松可湿性粉剂800倍液、40%混杀硫胶悬剂500倍液,每667平方米喷药液50升,隔10天左右1次,连续2~3次。选抗病品种,加强田间管理。辣椒根腐病病菌在土壤中能存活3~5年,要尽量避免与瓜类、茄果类蔬菜连作,提倡与十字花科、豆科等蔬菜轮作,减少病菌在土壤中的积累。