棉花枯萎病和黄萎病的防治应采用保护无病区、消灭零星病区、控制轻病区、改造重病区的策略，贯彻以“预防为主，综合防治”的方针，有效控制病害的危害。具体措施包括：
1.农业防治：少施速效氮肥，多施缓释型钙镁磷钾肥和有机质肥料。实行水旱轮作或与禾本科作物轮作，减少土中病菌积累，从而减轻枯萎病的发生。对零星病区田块，发现病株，立即拔除烧毁。选用抗病品种和无病土育苗，育苗移栽时，淘汰病苗，减少病源的侵染。
2.加强栽培管理：在施足基肥的基础上，增施磷、钾肥，提高抗病力，施用无菌净肥。重病田块要施速效氮肥。同时要及时清沟理墒、中耕除草松土。
3.化学防治：发病初期用50%百克20～30克或25%使百克40～50毫升，或世高30～40克对水40～50千克常规喷雾，或对成500倍液进行灌根。发病较重的田块可间隔5～7天再喷一次，或再灌根一次，同时用0.2%磷酸二氢钾溶液、新高脂膜加1%尿素液进行叶面喷雾，每隔5～7天进行一次，连续喷2～3次，防病效果更明显。
4.土壤消毒：常用的土壤消毒剂有五氯硝基苯和福尔马林。每平方米用五氯硝基苯8克制成药土，铺盖土表厚1厘米左右；或用40%福尔马林50克加水10千克，浇灌育苗床土1平方米，然后用草帘覆盖7～10天，揭帘放气后，就可育苗。
5.幼苗管理：幼苗出土20天左右，严格控制浇水，适当通风，是防治立枯病的关键。一般在播种前苗床灌足水，播种后一般不浇水，以防湿度过大容易发病。幼苗出土后，可喷1%波尔多液或50%代森铵200倍液；50%甲基托布津800倍液，以消灭土表病菌。发现个别幼苗发病，应立即拔除，并喷药保护，以防蔓延。
6.连续清洁棉田：及时定苗、拔除病苗，并在棉田外深埋或烧毁。
