棉籽萌动时,棉炭疽病菌即行侵害,常使棉籽在土中呈水渍状腐烂,不能出土而死亡;或幼苗出土后,在茎基部或稍偏上部产生紫红至紫褐色条纹,后扩大成梭形病斑,稍凹陷,严重时失水纵裂,幼苗萎倒死亡。潮湿时,病斑上产生桔红色粘物质(分生孢子)。子叶受害时多在叶缘生半圆形褐色病斑,边缘深红褐色,严重时枯死早落。成株期棉叶及茎部发病并不常见,受害后,叶部病斑呈不整圆形,易干枯开裂。茎部被害呈红褐色至暗黑色圆或长形病斑,中央凹陷,表皮常破裂露出木质部,病株遇风易折断。潮湿时病斑上产生桔红色粘状物(病菌分生孢子)。子叶边缘出现圆或半圆形黄褐斑,后干燥脱落使子叶边缘残缺不全。棉铃染病初期呈暗红色小点,扩展后呈褐色病斑,病部凹陷,内有桔红色粉状物即病菌分生孢子。严重时全铃腐烂,不能开裂,纤维变成黑色僵瓣。生产上后期棉铃染病受害重,损失很大。病株基部最初出现红褐色小斑,后成紫褐色略凹陷的短条斑,边缘红褐色,严重时失水纵裂,幼苗枯死子叶受害,多在叶缘出现黄色或灰褐色圆形或半圆形病斑。