薏米叶枯病的防治方法主要以农业防治和化学防治为主。选用抗病品种，薏苡有高秆和矮秆之分，一般的矮秆薏苡抗病力强而且成熟期较一致，选用矮秆品种来种植。清洁园田，收获后将病残株集中烧毁，减少越冬病原。选择以前未种过或2年以上未种过薏苡的地块来种薏苡。适时早播及加强管理，选择地势高燥通风良好的地块种植，种植时施足基肥，合理使用氮磷钾肥，提前播种，使易染病的灌浆期避开，抽穗期及时浇水，促进植株生长发育良好，提高抗病能力。合理密植，改善通风透光条件。拔节停止后，摘除第1分枝以下的叶片和无效分药，以利于通风透光，降低田间湿度，减少田间侵染菌源。
化学防治方面，重施基肥，薄施分药肥，重施穗肥，巧施保粒肥，控制使用氮肥，增施磷钾肥，提高植株抗病力。发病初期喷1:1:160-200波尔多液，或50%多菌灵可湿性粉剂500倍液、90%乙磷铝可湿性粉剂800倍液、65%代森锌可湿性粉剂500倍液，7-10天1次，连喷2-3次。发病初期喷洒50%敌菌灵500倍液、50%扑海因500倍液，每隔1-2周喷雾一次保护植株，可获较好的防效。