病菌为菌丝体、菌核、厚垣孢子在土壤、病残体或未经高温腐熟的肥料中越冬,也可以在种子上越冬,成为第二年的初侵染源。病株茎基部表面所见粉红色霉层是病菌的菌丝体、分生孢子和厚壁孢子。该菌有较强的腐生性,在无寄主条件下,能在土壤中存活6年以上。厚垣孢子及菌核通过牲畜消化道后仍不失掉活力。所以,连作地和施用未充分腐熟有机肥的地发病重。土壤中休眠的甜瓜枯萎病菌,第2年受到瓜类蔬菜根系分泌物的刺激,可打破休眠,在适宜的温、湿度下萌发出牙管,从根部、根尖或伤口侵入,刺穿表皮、皮质组织,进入维管束,在导管内生长发育。病菌是由下向上扩展,所以,病株萎蔫先从下部叶片开始,以后逐渐向上发展。病菌还能分泌毒素,干扰植株的代谢作用,致使植株中毒死亡。除土壤带菌外,种子也可传带病菌。种子带菌为病害的远距离传播(尤其是新小种的传播)以及甜瓜新种植地区的病害发生提供了重要的甚至是唯一的初侵染源。