辣椒病毒病的症状主要分为两大类型。第一类是斑驳花叶型，表现为植株矮化，叶片呈现黄绿相间的斑驳花叶，叶脉上有时出现褐色坏死斑点，主茎和枝条上有褐色坏死条斑，严重时导致整株死亡。第二类是叶片畸形和丛枝形，表现为叶片畸形丛生，叶脉褪绿，出现斑驳花叶，叶片增厚变窄呈线状，茎节间缩短，有时枝条丛生，后期植株矮化，果实上呈现深绿和浅绿相间的花斑，有疣状突起，病果畸形易脱落。植株顶叶小，中、下部叶片易脱落。
辣椒病毒病会导致“三落”现象（落花、落叶、落果），常见类型包括斑驳花叶型和黄化枯斑型。黄化枯斑型表现为植株矮化、黄化，叶片上出现褪绿线纹或花叶并伴有坏死斑，茎上也有坏死条纹并可扩展到枝端，成熟果实黄化，伴有同心环或坏死条纹。辣椒花叶、条斑病毒病主要表现为花叶、叶片黄化、叶片畸形、叶片和果实坏死等症状。
该病的发生条件通常与传播媒介有关，如刺吸式口器的害虫（蚜虫、灰飞虱、白粉虱、烟粉虱等），也可通过农事操作传播。空气相对干燥有利于病毒病的发生。
