小麦穂分化是指小麦穂的分化形成过程，一般可分为7个时期。首先是生长锥伸长期，此时生长锥开始伸长，长度大于宽度，标志着穂分化的开始。接着是单棱期，生长锥基部向上分化出穂轴节片，每节片上生出一个环状突起的苞原基。随后进入二棱期，幼穂中部相邻两苞原基间长出小穗突起，逐渐向上部和下部发展，使幼穂呈现二棱状。
小花分化期时，幼穂上中部小穗原基的基部形成颖片不久，出现小花生长点。分化顺序是在整个小穗上由中部向上、下发展，在一个小穗上由下而上进行。雌雄蕊分化期，小穗分化出约4朵小花时，其基部小花原基的生长点分化出3个雄蕊突起，雌蕊相继分化。药隔形成期，雄蕊原基长大分化出花药的药隔，分成4个花粉囊。最后是四分子形成期，花药进一步分化发育形成花粉母细胞、二分体，再形成四分体。
小麦穂分化所需的时间与生态环境、品种、春化特性和播种季节有关，短者30天左右，长着可达100天以上。
