大豆菌核病多从植株主茎中下部分枝处开始发病，病斑水渍状，不规则形，浅褐色或近白色，可环绕茎部并向上下蔓延，病部以上往往枯死，也可造成茎秆折断，潮湿时病部生絮状白色菌丝，其上产生黑色鼠粪状菌核，病茎髓部变空，菌核占其空间。后期干燥时茎部皮层纵向撕裂。叶片被害时呈暗青色水渍状，腐烂，有时有絮状菌丝。
苗期染病茎基部褐变，呈水渍状，湿度大时长出棉絮状白色菌丝，后病部干缩呈黄褐色枯死，幼苗倒伏、死亡。成株期染病主要侵染大豆茎部，田间植株上部叶片变褐枯死。叶片染病始于植株下部，病斑初期呈暗绿色水浸状斑后扩展为圆形或不规则形，中心灰褐色，四周暗绿色，湿度大时生白色菌丝，叶片腐烂脱落。茎秆染病多从主茎中下部分权处开始，病部水浸状，后褪为浅褐色至近白色，病斑形状不规则，常环绕茎部向上、向下扩展，致病部以上枯死或倒折。潮湿时病部生絮状白色菌丝，菌丝后期集结成黑色粒状、鼠粪状菌核，病茎髓部变空，菌核充塞其中。后期干燥时茎部皮层纵向撕裂，维管束外露似乱麻，严重的全株枯死，颗粒不收。豆荚染病呈现水浸状不规则病斑，荚内外均可形成较茎内菌核稍小的菌核，可使荚内种子腐烂、干皱、无光泽，严重时导致荚内不能结粒。
大豆菌核病主要危害成株大豆，茎秆变褐枯死，其典型症状茎部发生褐色病斑，上生白色棉絮状菌丝体及白色颗粒状物，后变黑色成为菌核，病株枯死后呈灰白色，茎中空皮层往往成麻丝状，病株外部的菌核颇易脱落。主要为害地上部，苗期、成株均可发病，花期受害重，产生苗枯、叶腐、茎腐、荚腐等症。
