大豆枯萎病是系统性侵染整株性发生病害。发病植株生长矮小,染病初期叶片由下向上逐渐变黄至黄褐色萎蔫。幼苗发病后先萎蔫,茎软化,叶片褪绿或卷缩,呈青枯状,不脱落,叶柄也不下垂;病根发育不健全,幼株根系腐烂坏死,呈褐色并扩展至地上3-5节。成株期发病,病株叶片先从上往下萎蔫黄化枯死,一侧或侧枝先黄化萎蔫再累及全株;病根褐色至深褐色呈干枯状坏死,剖开病部根系,可见维管束变为褐色;病茎明显缝缩,有褐色坏死斑,在病健部结合处髓腔中可见到约0.5厘米宽的粉红色菌丝,病健结合处以上部分呈褐色水渍状。后期在病株茎的基部产生白色絮状菌丝和粉红色胶状物,即病原菌丝和分生孢子。病茎部维管束变为褐色,木质部及髓腔不变色。