主要为害地上部,苗期、成株均可发病,花期受害重,产生苗枯、叶腐、茎腐、荚腐等症。苗期染病茎基部褐变,呈水渍状,湿度大时长出棉絮状白色菌丝,后病部干缩呈黄褐色枯死,表皮撕裂状。叶片染病始于植株下部,初叶面生暗绿色水浸状斑,后扩展为圆形至不规则形,病斑中心灰褐色,四周暗褐色,外有黄色晕圈;湿度大时亦生白色菌丝,叶片腐烂脱落。茎秆染病多从主茎中下部分权处开始,病部水浸状,后褪为浅褐色至近白色,病斑形状不规则,常环绕茎部向上、下扩展,致病部以上枯死或倒折。湿度大时在菌丝处形成黑色菌核。病茎髓部变空,菌核充塞其中。干燥条件下茎皮纵向撕裂,维管束外露似乱麻,严重的全株枯死,颗粒不收。豆荚染病现水浸状不规则病斑,荚内、外均可形成较茎内菌核稍小的菌核,多不能结实。大豆菌核病主要危害成株大豆,茎秆变褐枯死,其典型症状茎部发生褐色病斑,上生白色棉絮状菌丝体及白色颗粒状物,后变黑色成为菌核,病株枯死后呈灰白色,茎中空皮层往往成麻丝状,病株外部的菌核颇易脱落。成株期染病主要侵染大豆茎部,田间植株上部叶片变褐枯死。叶片染病始于植株下部,病斑初期呈暗绿色水浸状斑后扩展为圆形或不规则形,中心灰褐色,四周暗绿色,湿度大时生白色菌丝,叶片腐烂脱落。茎秆染病多从主茎中下部分权处开始,病部水浸状,后褪为浅褐色至近白色,病斑形状不规则,常环绕茎部向上、向下扩展,致病部以上枯死或倒折。潮湿时病部生絮状白色菌丝,菌丝后期集结成黑色粒状、鼠粪状菌核,病茎髓部变空,菌核充塞其中。后期干燥时茎部皮层纵向撕裂,维管束外露似乱麻,严重的全株枯死,颗粒不收。豆荚染病呈现水浸状不规则病斑,荚内外均可形成较茎内菌核稍小的菌核,可使荚内种子腐烂、干皱、无光泽,严重时导致荚内不能结粒。