大豆的施肥体系由基肥、种肥和追肥组成,既要保证大豆有足够的营养,又要发挥根瘤菌的固氮作用。在轮作地上,前茌粮食作物施用有机肥料,大豆利用其后效,有利于结瘤固氮,提高产量。低肥力土壤可加过磷酸钙、氯化钾各10公斤作基肥。种肥一般每亩用10至15公斤过磷酸钙或5公斤磷酸二铵,缺硼土壤加硼砂0.4至0.6公斤。由于大豆是双子叶作物,种肥应施于种子下部或侧面,避免与种子直接接触。追肥在大豆幼苗期或根瘤活动弱时适量施用氮肥,初花期酌情施用少量氮肥,一般亩施尿素7.5至10公斤。花期用0.2%至0.3%的磷酸二氢钾水溶液或过磷酸钙水根外喷施,可增加籽粒含氮率;喷施0.1%的硼砂、硫酸铜、硫酸锰水溶液可促进籽粒饱满,增加含油量。