农业措施：种子播种要过筛，精选种子，清除混杂在种子间的菌核。发病严重的地块，实行秋季深翻，将落入田间的菌核埋入土壤深层，使病株残体腐烂死亡。实行与非寄主作物3年以上轮作，选择优良、早熟、抗病的品种。
药剂防治：40%纹枯可湿性粉剂800—1200倍液加神奇不朽800倍液喷雾或50%速克灵可湿剂2000倍液，于菌核发病初期叶面喷雾，隔7天再补喷1次。子囊盘萌发盛期，可喷施40%菌核净可湿性粉剂1000倍液+神奇不朽600倍液喷雾。
大豆菌核病病菌属于子囊菌亚门，核盘菌属真菌，在大豆茎上形成圆柱形或鼠粪状菌核，其形状不规则，菌核在多雨、潮湿并有光照条件下萌发。病原真菌以散落在土壤里和混在种子间的菌核越冬，种子也可带菌，但其重要性不如菌核。如果大豆种植面积逐年递增，重迎茬面积就会有增无减，造成土壤里菌核数不断增多，在适宜的环境条件下，致使大豆菌核病加重发生。
