辣椒疫病在苗期和成株期均可发生，主要危害茎、叶和果实。苗期发病时，茎基部呈现暗绿色水浸状软腐或猝倒，称为苗期猝倒病。果实染病始于蒂部，初生暗绿色水浸状斑，迅速变褐软腐，湿度大时会长出白色霉层，干燥后形成暗褐色僵果留在枝上。茎部染病，分杈处变为黑褐色或黑色，病斑初为水浸状，后出现环绕表皮扩展的褐色或黑色条斑，病部明显缢缩，造成地上部折倒。主要为害成株，植株急速凋萎。
病菌在土壤中或地面病残体上，通过灌溉、气流、农事作业等传播蔓延。病菌生长适宜温度为30℃，种植过密，湿度过大，植株生长细弱，病害较重，雨季发病重，连作病重。
防治方法包括加强田间管理，通风透光降湿，晴天浇水，防治高温高湿。及时病株、病果，雨季及时排涝。发病初期喷施25%瑞毒霉可湿性粉剂750倍液，或40%的乙磷铝可湿性粉剂200倍液，或75%的百菌清可湿性粉剂800倍液，或64%的杀毒矾可湿性粉剂500倍液，每隔7-10天喷1次，连续2-3次，病害严重时隔5-7天喷1次，连续2-3次。
