外观检查是判断鸡是否患有球虫病的重要方法。观察鸡的冠是否苍白，是否嗜睡、羽毛不整、肛门不洁、脱水、贫血等现象，尤其要注意粪便情况。球虫病常引起鸡群腹泻，如稀便、黏液便、血便等，这些症状有助于辨别鸡球虫病。
不同球虫引起的病症有所差异。小肠球虫表现为采食量增长缓慢或降料明显，排西红柿粪便和蛋黄色稀便，饲料消耗不全，鸡群消瘦，站立不稳或死亡。盲肠球虫表现为鸡冠苍白，拉血便或酱油色水便，内检盲肠可见肿大、出血。球虫病多发生于温暖而多雨的季节，3个月龄以内的鸡，特别是3周至1.5月龄的鸡最易发病。
每种艾美耳球虫几乎都有自己的侵害部位，除少数外，大多数寄生于肠绒毛的上皮细胞内，典型的损害通常是肠道病原学诊断的指标。不同种的球虫寄生部位较为固定，寄生于肠道内的球虫常引起肠道的典型病变，通过病变可判断现场病例。
禽球虫病的诊断需根据发病特点调查、临床症状、粪便检查及尸体剖检等进行综合判断。病雏衰弱和消瘦，鸡冠和粘膜苍白，泄殖腔周围羽毛被粪便粘连，运动失调，翅膀下垂，排出血便，剖检时可见盲肠和小肠有病变。根据这些特点，可怀疑为球虫病。最终诊断需检查虫卵，取少量病鸡肠病变粘液，放在清洁的玻璃片上，滴上生理盐水混匀，盖上盖片，镜检。生前用饱和盐水漂浮法或粪便涂片查到球虫卵囊，或死后取肠粘膜触片或刮取肠粘膜涂片查到裂殖体、裂殖子或配子体，均可确诊为球虫感染。由于鸡的带虫现象极为普遍，是否由球虫引起的发病和死亡，应根据临诊症状、流行病学资料、病理剖检情况和病原检查结果进行综合判断。
