草甘膦飘移性强，容易造成作物药害，即使不出现明显药害也会伤到作物的根，若间隔期不够会对后茬作物产生影响，因此耕地不宜使用草甘膦。草胺膦则不同，飘移性不强，不会伤害作物根部，对后茬作物安全，因此耕地一般推荐使用草胺膦。
草甘膦和草铵膦的差别如下：
1.草甘膦是甘氨酸类，作用机理为抑制烯醇丙酮基莽草素磷酸合成酶，导致蛋白质合成受阻；草铵膦是膦酸类，作用机理为积铵触杀，抑制谷氨酰胺合成。
2.草甘膦一般需7-10天见效；草铵膦通常3天即可见效（正常气温条件下）。
3.若药液飘移，草甘膦会杀灭作物，导致减产或绝收；草铵膦只会在接触部位产生药斑，对作物生长影响较小。
4.草甘膦不宜用于浅根或根系暴露的作物如蔬菜、香菜、胡椒、葡萄、木瓜等；草铵膦几乎适用于所有作物。
5.对抗性恶性杂草如牛筋草、小飞蓬等，草甘膦无效，草铵膦有效。
6.草甘膦药后需20-30天才可播种移栽；草铵膦药后1-4天即可播种移栽。
草甘膦喷施后通过草叶面吸收，传导至根部，导致草根腐烂干化，全草死亡。草胺膦喷施后无传导烂根功能，死草速度介于百草枯和草甘膦之间，属于中等速度。