甘薯根腐病是一种土传病害，病原菌在耕层分布最多，发病也较严重。疾病在田间传播主要依靠流水和耕作活动。留在地里的病株也是初侵染源。如果把患病的植株喂猪，病菌仍可通过消化道致病，患病的种薯也可传播疾病。
1.选用抗病良种。
2.轮作：重病田实行3年以上轮作，可与花生、芝麻、棉花、玉米、谷子等作物轮作。
3.加强栽培管理：春薯适当早栽，有灌溉条件的地方应在栽植返苗后普浇1次水，以提高抗病力。夏薯在麦收后力争早栽并及时浇水。深耕翻土，增施有机肥，不施带菌肥。
土壤、土杂肥和病残体是主要传播途径：
(1) 土壤传病：此病在田间发生，先有一个或几个发病中心，随着水流和耕作活动逐年扩展蔓延，直到传遍全田。病菌在土壤中的分布深度为0~45厘米，其中以0~15厘米土层里菌量最多，发病也最重。
(2) 土杂肥传病：用病薯茎叶、病根、病薯积肥或做饲料，或用制淀粉的带菌粉渣、洗粉水喂猪或倒入猪圈，都能使土杂肥带菌。用病茎叶喂猪，猪粪里的病菌仍保持生活力，可继续传播疾病。
(3) 病残体传病：每年遗留在地里的病株残体，是使土壤菌量积累和病害加重的原因。带菌地随着寄主作物连年重茬种植，发病程度也越来越重。
根腐病在高温、干旱条件下病重；夏薯重于春薯；连作重茬地重于轮作地；晚栽地重于早栽地；砂土瘦地重于壤土肥地。根腐病发病温度范围是21~30℃，适宜温度为27℃左右。土壤含水量在10%以下有利病害发展。
