菠菜枯萎病菌主要随植株病残体在土壤中或种子上越夏或越冬。种子可带菌，未腐熟的粪肥也可带菌。病菌可随雨水及灌溉水传播，从根部伤口或根尖直接侵入，侵入后经薄壁细胞到达维管束，在维管束中产生镰刀菌素等有毒物质，堵塞导管，导致叶片萎蔫枯死。
在环境条件适宜时，分生孢子借气流、雨水反溅、农事操作及病健部间的接触等传播至寄主植物上，从伤口、薄壁组织侵入，残花是最适合的侵入部位，引起初次侵染，并在受害部位产生新生代分生孢子，进行多次再侵染，加重危害。花粉量少，散粉和授精时间短，造成授粉结实不良，果穗秃尖缺粒现象十分突出，导致产量严重下降。这种情况年年发生，损失惨重。
