防治香蕉枯萎病尚无特效药剂，由于该病是植物维管束真菌病害，一般外用杀菌剂作用较小，目前需采用加强检疫、清除病株、合理轮作、种植抗病品种、加强栽培管理等综合防控措施。要加强宣传培训，促进群防群控。香蕉束顶病至今尚属“不治之症”，预防至关重要，应采取以农业防治为主、化学药物防治为辅的综合防治措施。
1.选择良种和无菌苗。选择高抗病品种、无病毒试管苗，如威廉斯8818、巴西、泰选香蕉。对来源不清、检疫手续不健全的蕉苗不宜引种。
2.及时清除蕉园病株。对感病植株，及早连根挖除，远离蕉园销毁。应于每年4～5月束顶病发生季节及时清除病株。对所有蕉园包括附近丢弃的发病蕉园进行全面检查，一旦发现病株，应立即喷施10%吡虫啉可湿性粉剂或3%啶虫脒乳油800～1000倍液，或5%抗蚜威可湿性粉剂1500～2000倍液以灭蚜虫；随后清除病株及其球茎，就地斩碎晒干或深埋。用10～15ml草甘膦原液或80%配制药液注射可杀死染病蕉株，在植株离地15cm处假茎向基部注射杀死其地下茎生长点，约15天后挖除枯死株，并将植穴及周围土壤翻起洒施石灰，暴晒半个月后补植新苗。
