香菜菌核病的初侵染病原菌多来自土壤、种子、未发酵腐熟好的有机肥。病原菌可通过菌丝直接或从香菜植株伤口侵入，侵入后在植株细胞内生长繁育，并破坏香菜植株细胞结构导致植株现病，向外分生新的侵染病原。
主要侵染茎基部或茎分杈处，病斑扩展环绕茎一圈后向上向下发展，潮湿时，病部表面长有白色菌丝，随后皮层腐烂，内有黑色菌核。
菌核遗留在土中，或混杂在种子中越冬或越夏。混在种子中的菌核，随播种带病种子进入田间，或遗留在土中的菌核遇有适宜温湿度条件即萌发产出子囊盘，放散出子囊孢子，随风吹到衰弱植株伤口上，萌发后引起初侵染。