为害症状主要为害叶、茎和蒴果。叶片染病初现褐色水渍状不规则斑,湿度大时病斑扩展迅速呈黑褐色湿腐状,病斑边缘可见白色霉状物,病健组织分界不明显。干燥时病斑为黄褐色。在病情扩展过程中遇有干湿交替明显的气候条件时病斑出现大的轮纹圈;干燥条件下,病斑收缩或成畸形。茎部染病初为墨绿色水渍状,后逐渐变为深褐色不规则形斑,环绕全茎后病部缢缩,边缘不明显,湿度大时迅速向上下扩展,严重的致全株枯死。生长点染病嫩茎收缩变褐枯死,湿度大时易腐烂。蒴果染病产生水渍状墨绿色病斑,后变褐凹陷。芝麻疫病在芝麻生长期任何时候均可发生,主要危害茎基部、茎部、蒴果和叶片。茎基部受害,病斑暗绿色,水渍状,以后变红褐色,凹陷,皮层纵裂。茎秆受害,可扩展到蒴果,病部均呈绿色,病部水浸状,缢缩变细。