眼菌蚊的小龄幼虫在培养料内取食，大龄幼虫蛀食香菇等菌类的子实体。防治方法：保持蘑菇室和蘑菇场的环境卫生，栽培前，可用40%敌敌畏1000-1500倍液用于杀虫，蘑菇出苗时发生虫害，25%氯菊酯2000倍液或40%敌敌畏1000-1500倍液防治害虫。
跳虫，又称灰虫，危害菌丝体和子实体。防治方法：可用敌敌畏加蜜糖诱杀，蘑菇出现时可发生害虫，可用0.1%的鱼藤精华或除虫菊杀灭。
线虫破坏的表面或所有培养材料都会变湿、变黑、变黏、菌丝萎缩或消失，小蘑菇就会死亡。死蘑菇的表面又黏又臭。在潮湿、闷热、不通风的条件下，很容易发生线虫。防治方法：病虫害危害较大，一般可使用2%甲醛溶液喷雾杀灭，如果局部受损，则需挖掘出受影响部位的营养成分，然后进行药剂防治。
鼻涕虫对香菇等食用菌子实体叮咬。防治方法：在活性部位喷洒1%高锰酸钾溶液或5%盐溶液，效果很好。
白蚁主要危害蘑菇木材。防治方法：用80%亚砷酸、15%水杨酸和5%氯化铁喷洒白蚁的活性部位，还可装备白蚁粉，喷洒蚁巢杀灭白蚁。