(1)种子消毒。用10%食盐水或10%～20%硫铵液漂种，除去浮在水面的菌核和杂质，反复2～3次后再行播种。播种前把床温调到55℃处理2小时，可以有效杀死土壤中菌核。(2)农业防治。实行轮作，最好是水旱轮作。施足底肥，增施磷、钾肥，不要偏施氮肥；加强开沟排水，使土壤适度干燥。病株立即拔除，收集菌核烧毁或深埋。(3)化学防治。发病初期喷药保护。喷药选用50%氯硝铵可湿性粉剂800倍液，或40%多？硫悬浮剂500倍液，或70%甲基托布津可湿性粉剂500～600倍液，或50%扑海因可湿性粉剂1000～1500倍液，或50%腐霉利可湿性粉剂2000倍液，或40%菌核净可湿性粉剂500。
核盘菌菌核在土壤中可以存活4—5年，连作地发生严重，但在淹水状态下存活时间大大缩短，因此建议实行水旱轮作。因此应合理密植，改善田间通风透光条件，降低相对湿度，以减少病原物的接触传播，并结合中耕松土、清沟排渍等农事操作，以减轻菌核病的发生。
选用良种：精选无菌良种，清除混杂在种子间的菌核及带病残屑，从根本上去除传染源，切断传播途径，并因地制宜选育抗（耐）病性品种。科学施肥。
气候条件是影响菌核病发生和流行的重要因素，在降雨和高湿环境下极易引发菌核病。此外，连作、偏施氮肥、种植密度过大、排水不良等条件下，菌核病也容易发生。防治措施。1.注意田间杂草，避免连作。2.避免偏施氮肥，增加p，k肥，提高抗病能力。3.不要过于密植，保持田间通风透光。4.药剂防治，用苯醚甲环唑和百菌清就可以了。发病初期，可选用40%多·硫悬浮剂800倍液，或70%甲基硫菌灵可湿性粉剂500～600倍液、25%咪鲜胺乳油1000～1500倍液、50%氯硝铵可湿性粉剂800倍液、20%甲基立枯磷乳油900～1000倍液、60%多菌灵盐酸盐可溶性粉剂600倍液、50%异菌脲可湿性粉剂1000～1500倍液、50%腐霉利可湿性粉剂2000倍液、50%乙烯菌核利可湿性粉剂1000～1500倍液、40%菌核净可湿性粉剂800倍液等交替喷雾，7～10天喷一次，连喷3～4次。重点喷洒植株茎基部、老叶及地面。