南瓜黑斑病发病条件与多种因素相关。坐瓜后遇高温、高湿环境易导致该病流行，田间管理粗放、肥力不足会加重发病，特别是浇水或风雨过后病情扩展迅速。相反，土壤肥沃、植株健壮则发病较轻。此外，该病与日灼病有密切关联，多发生于日灼处。病菌主要在病残体上越冬，以菌丝体或分生孢子形式存在于病残体、病组织内或黏附在种子表面，成为翌年初侵染源。在田间，病菌通过气流或雨水传播，条件适宜时几天内即可显现症状。
南瓜在生长过程中，若遇到气候异常、土壤条件不佳等环境因素，可能引发黑斑病。病菌本身的侵害性也是重要原因，若南瓜感染了特别侵害性的病菌，黑斑病发生的可能性增加。此外，南瓜品种的选择也影响病害的发生。
