辣椒疫病的病原是辣椒疫霉菌，属于鞭毛菌的真菌。病菌孢囊梗简单，菌丝状，淡色。孢子囊顶生，长椭圆形，淡色，顶端有乳头状突起，大小为27.6～55.8×15.5～31.6微米。萌发时产生多个有双鞭毛的游动孢子。卵孢子圆球形，黄褐色，直径为15～28微米。病菌还能产生球形的厚壁孢子，淡黄色、单胞。辣椒疫霉菌的寄主范围较广，除辣椒外还能寄生番茄、茄子和一些瓜类作物。
发生的原因有：品种抗病力差、土壤带病菌、高温高湿、植株残枝带菌。高温高湿是辣椒疫病发生的主要原因。主要随灌溉的水和雨扩散传播，发生多次再侵染。病原菌还可通过风雨吹溅和农事操作而传染，引起叶、枝、果发病。
本病由鞭毛菌亚门真菌辣椒疫霉引起。病菌主要以卵孢子、厚垣孢子在病残体或土壤及种子上越冬，其中土壤中病残体带菌率高，是主要初侵染源。条件适宜时，越冬后的病菌经雨水飞溅或灌溉水传到茎基部或近地面果实上，引起发病。要及时做好预防，减少损失。
