芹菜种植过程中的病虫害有病毒病、锈病、斑枯病、叶斑病、菌核病、根结线虫病等;主要虫害有蚜虫、斑潜蝇、蓟马、红蜘蛛等。综合防控措施包括选用抗(耐)性品种,宜选用适合当地的抗(耐)性品种。轮作时不应与香菜、胡萝卜等伞形科蔬菜重茬,可与水稻、玉米等作物轮作。清洁田园,生长期、采收后及时清理残株、败叶,集中深埋或堆沤处理。科学施肥,控温控湿,保护地芹菜白天棚室温度宜控制在15-20℃,高于25℃应及时放风,降温降湿,相对湿度控制在50%-60%。夜间温度不低于10℃,相对湿度不高于80%。防治芹菜叶斑病可用50%福美双可湿性粉剂600倍液浸种50分钟,或用75%百菌清可湿性粉剂700倍液浸种4~6小时;防治斑枯病可在30℃下用0.2%福美双溶液浸泡24小时。防治芹菜斑枯病也可用50%异菌脲可湿性粉剂500倍液,或25%嘧菌酯悬浮剂2500倍液喷雾;防治芹菜叶斑病也可用70%甲基硫菌灵可湿性粉剂600倍液,或77%氢氧化铜(可杀得)可湿性粉剂500倍液,或70%丙森锌可湿性粉剂500倍液喷雾防治。