影响农产品质量安全的危害因素主要包括农业种养过程、保鲜包装贮运过程、自身生长发育过程以及新技术应用带来的潜在危害。农业种养殖过程中，因投入品不合理使用造成的农药、兽药、渔药、添加剂等有毒有害物质残留污染，以及产地环境导致的本底性污染和汞、砷、铅、铬、镉等重金属毒物和氟化物等非金属毒物，是主要危害之一。农产品包装储运过程中，贮存时使用的保鲜剂、催熟剂和包装材料中的有害化学物，以及流通渠道中的二次污染，也是重要危害因素。农产品自身的生长或发育过程中产生的天然毒素，同样是当前面临的危害之一。农业生产中新技术的应用，如转基因技术或物种变异，可能带来新的危害。此外，种植、养殖环节农药、兽药等不合理使用造成的有毒有害物质残留污染，以及包装贮运流通环节产生的二次污染，也是农产品质量安全的潜在危险因素。