农业防治：选用抗病品种、合理密植、科学肥水管理。药剂防治：在发病始期使用爱苗、井冈霉素等对口农药。水稻纹枯病防治，需打捞菌核，减少菌源。施足基肥，早施追肥，避免偏施、迟施氮肥，增施磷钾肥。用水原则为前浅、中晒、后湿润。具体用药方法：每亩用5%井冈霉素水剂150～200毫升或25%粉锈宁可湿性粉剂50～75克，30%爱苗15～20毫升，均加水60～70千克粗雾喷于发病部位或稻株基部。
在发病严重的田块，收割后的带病稻草不能直接还田，需在秧田和本田翻耕灌水耙平后，打捞浮在水面的菌核。避免偏施氮肥，增施磷钾肥，防止植株徒长贪青。合理密植，合理管水，在分蘖末期适度晒田，可抑制病害发生。提前用药预防，在分蘖末期至抽穗期，结合防治二化螟、稻纵卷叶螟、稻瘟病等病虫害加入预防药剂，有效避免水稻纹枯病的发生。
