辣椒疫病的防治方法主要以农业防治和化学防治为主。首先选用抗病品种，实行轮作、深翻改土，对土壤、种子进行处理，加强管理，清除病株；再结合化学药剂进行防治。具体措施如下：
1.将患病的植株全部拔掉，控制病情蔓延。
2.在大棚下沿安装防寒膜，防止辣椒受到低温侵害；控制湿度，空气相对湿度保持在60%-70%之间。
3.病株周围的辣椒植株需单棵浇水。
4.及时喷洒药剂，注意间隔期。药剂选用噁霜锰锌、春雷王铜以及叶面肥。
防治措施：
1.选育和引进抗病品种。
2.及时清除病残体，保持田园卫生。
3.实行轮作，避免与茄果类或瓜类蔬菜连作，可与十字花科或豆科蔬菜实行3年以上的轮作。施足腐熟基肥，配方施肥，大雨后及时排除积水，严禁浇大水，以防高湿条件出现。选用无病新土育苗，发现中心病株及时拔除。
4.药剂防治：种子处理可用1%福尔马林浸种30分钟，药剂以浸没种子5~10cm为宜，捞出洗净后催芽播种，或用嘧菌酯进行种子包衣。发病初期可喷施嘧菌酯或甲霜·锰锌、霜霉威、乙磷铝、百菌清、噁霜·锰锌等药剂。
