冬瓜菌核病的防治方法主要包括播种前种子消毒、实行水旱轮作和加强栽培管理。发病后可采取喷撒药剂防治，每隔8-9天防治1次，连续防治3-4次；病情严重时，除正常喷雾外，还可将药剂涂抹在瓜蔓病部以控制病情扩展。种植时应深翻土地，种子浸种后播种育苗，生长中加强管理，控制夜温和湿度。发病后使用速克灵可湿性粉剂或百菌清粉尘剂进行防治。
1.种子消毒：播前用10％盐水漂种2-3次，洗掉菌核，再用50℃温水浸种10分钟，可杀死菌核。
2.栽培措施：实行水旱轮作，夏季病田灌水浸泡半个月，收获后及时深翻土地20厘米。覆盖地膜抑制子囊盘出土。棚室上午以闷棚提温为主，下午及时放风排湿，发病后可适当提高夜温以减少结露，早春日均温控制在29-31℃高温，相对湿度低于65％可减少发病。
3.药剂防治：定植前每667平方米用20％甲基立枯磷(利克菌)500克配成药土耙入土中。棚室或露地出现子囊盘时，每667平方米用15％速克灵烟剂或45％百菌清烟剂250克熏1夜。每隔8-10天喷施1次。每667平方米喷撒5％百菌清粉尘剂1千克。在盛花期喷药常用农药有50％速克灵可湿性粉剂1500倍液，50％异菌脲或50％农利灵可湿性粉剂1000倍液，60％防霉宝超微粉600倍液，20％甲基立枯磷乳油1000倍液，50％异菌脲可湿性粉剂1500倍液加70％甲基托布津可湿性粉剂1000倍液。
