棉花苗病主要以立枯、炭疽、猝倒病为主,苗期低温、多雨、重茬、播种过早等因素是棉花苗病多发的重要原因。病害初发时,用多菌灵、代森锌或棉枯净喷雾防治,间隔5-7天,连喷2-3次。棉花常见的病害有立枯病、枯萎病、黑腐病、病毒病及茎枯病。虫害包括棉铃虫、蚜虫、盲蝽象、红蜘蛛、甜菜夜蛾等。棉苗根病初发时,可用40%多菌灵胶悬剂+新高脂膜800倍液、65%代森锌可湿性粉剂+新高脂膜800倍液或36%棉枯净可湿粉剂10~15克/亩,兑水15公斤顺棉苗茎杆喷雾,间隔5~7天,再喷一次。苗蚜的防治一般在5月中下旬至6月上中旬,伏蚜的防治一般在7月中下旬至8月下旬。选用烯啶虫胺、氯噻啉、灭蚜酮、丁硫克百威、毒死蜱等药剂交替、轮换、混合用药,避免长期单一使用吡虫啉、啶虫脒而使蚜虫抗性增强。为增加药剂的持效性,可加入适量渗透剂或无磷洗衣粉等助剂,也可加入乙酰甲胺磷、氧乐果等内吸杀虫剂,以延长药效。