农膜会破坏耕作层的土壤结构，使土壤空隙减少，降低土壤的通气性和透水性。这限制了微生物和土壤动物的活力，不利于水分和营养物质在土壤中的传输，影响农作物对水分和营养物质的吸收，阻碍了农作物种子发芽、出苗和根系生长，最终导致农作物减产。大量的残膜碎片会影响正常灌溉，引起土壤板结，降低土壤透气性。农膜中的添加剂和稳定剂进入土壤后，对作物有毒害作用，特别是塑料增塑剂邻苯二甲酸酯会导致作物产量降低，有的被作物吸收和累积影响到作物及产品的品质，还可能通过食物链危害人体。残膜污染还会导致土地退化，直接影响农业生产。