黄曲霉毒素是由某些黄曲霉菌株产生的肝毒性代谢物，以黄曲霉毒素B为最常见且毒性最大。小柄曲霉毒素是一种致肝癌的毒素，但毒性较低。棕曲霉毒素是棕曲霉的毒性代谢物，有A、B、C三种同系物，其中A的毒性最大，动物试验表明其能致肝、肾损害和肠炎。曲霉类在食用菌栽培中是常见的竞争性杂菌，特别在以麸皮、豆粉、玉米粉等为配合成分的基质上更为常见，因此选用培养基材料时应选用新鲜无霉菌的材料。青霉素是由青霉属的某些种类的霉菌产生的毒素，具有致癌性。镰刀菌毒素主要分布在土壤中，能污染与土壤接触的有机物，食用菌产品摊晒在地面也可受到镰刀菌的污染，其毒素可导致人体白血球减少症、皮肤炎症、皮下出血、黄疸、肝损害等。霉变甘薯毒素是甘薯被甘薯黑斑病菌和茄病镰刀菌寄生后生理反应产生的次生产物，并非霉菌的代谢产物，主要毒素成分可导致人和畜肺气肿、肝损害，食用菌产品可通过受污染的粮食、土壤等媒介而被污染。