辣椒黄萎病初发病时，接近地面的叶片首先下垂，叶缘或叶尖逐渐变黄，发干或变褐，多发生在辣椒生长中后期，叶脲间的叶肉组织变黄。随后，植株发育受阻，茎基部的木质维管束组织变褐，然后沿茎上部扩展至枝条下端，致全株萎蔫、叶片枯死脱落。该病扩展较慢，通常只造成病株矮化、节间缩短、生长停滞，以叶片脱落、导致落果光杆为危害结果。
青椒是对肥料比较敏感的作物。如果底肥不足，幼苗会生长迟缓，开花时间较早，但是落花较多；如果开花坐果期肥料不足，会导致植株分叉减少，果枝少，落花多，果实易感染病菌；如果结果期肥料不足，会导致叶片发黄，结果小、弯曲、干瘪、畸形，或者僵果。
