防治芥蓝黑根病，在播种时选用甲基立枯磷可湿性粉剂或恶霉灵可湿性粉剂进行拌土处理。如果生长期患病，可选用噻菌灵悬浮剂或甲基立枯磷可湿性粉剂、井岗霉素水剂等药剂进行喷洒防治。
1.选择地势高燥、排灌良好的地块育苗，选用无病新土育苗，使用充分腐熟的有机肥，掌握适当的播种密度，覆土不宜太厚。
2.旧苗床宜进行药剂处理。可选用50%利克菌可湿性粉剂，或70%土菌消可湿性粉剂，或50%多菌灵可湿性粉剂，或50%扑海因可湿性粉剂3～5千克/667m²，拌细土40～60千克，拌匀后均匀撒于苗床表面，留少量药土播种后盖种。也可用45%特克多悬乳剂800倍液，或50%利克菌可湿性粉剂600倍液，或30%倍生乳油1200倍液，或50%井冈霉素1500倍液，或72.2%普力克液剂600倍液喷淋苗床。
3.发病初期及时拔除重病株。加强苗床管理，注意棚室保暖与放风，浇水宜小水多次，浇水后需放风排湿。同时可选用上述药液喷洒苗床。