脐橙溃疡病的防治可以通过加强水肥管理来预防，不合理的施肥会扰乱树体的营养输送和生长，使得树体的抽梢时期、抽梢次数、抽梢数量及老熟速度等不一致；同时在多施氮肥的情况下也会促进病害发生。针对此病首先要做好预防措施，在秋冬收获后，要彻底清园，将残枝落叶以及染病枝、叶、果集中烧毁或深埋，减少病原，在全园喷洒杀菌药剂，杀死病菌。做好植株的肥水管理，施足基肥、增施磷钾肥，提高植株的抗病力，同时也要注意排水和通风，降低园间湿度。另外此病主要由伤口侵入，所以要防止植株有创伤，以免给病菌有可趁之。
用药治疗方面，一般可以打等量波尔多液(150-250倍液)、77%可杀得(500倍液)、15%消病灵(500倍液)等农药。在开春后，在新梢要萌发前，喷洒一次溃腐灵和杀虫剂，这样能消灭越冬后的病虫源，效果较好。在夏梢和秋梢前可用喷洒2-3次，农用链霉素冬季清园后喷洒波尔多液和石硫化合剂1次，也可常年喷洒中药杀菌剂。
