1、在前茬收获后及时清除病残体，集中深埋或烧毁。及时防治瓜类蔬菜害虫，精心操作，避免各种伤口产生。
2、丝瓜种子播前进行消毒，用55℃温水浸种15分钟，或用福尔马林100倍液浸种30分钟，水洗后催芽播种。
3、丝瓜采用配方施肥，适当增施磷、钾肥，勿偏施氮肥，适时喷施叶面肥促植株稳生稳长，壮而不过旺；整理排灌系统，雨后清沟排渍降湿。
4、主要危害瓜果，在广州地区留种田的瓜果受害尤为严重。被害瓜果有的近果柄部分变黄褐色，后扩及果实大部分至全部，终致全果变褐干缩，潮湿时患部长出黄白色粉状霉，此即为本病病征(分孢梗及分生孢子)。
5、在丝瓜果腐病发病初期及时喷施药剂防治，药剂可用：75%百菌清+70%托布津(1∶1)1000～1500倍液、或30%氧氯化铜悬浮剂+75%百菌清(1∶1)800倍液，7～10天喷1次，连喷3～4次，交替用药，着重喷果。
6、育苗期要注意防治幼苗猝倒病；定植时采用高畦栽培，铺地膜，开沟排水，搭架要高些，避免瓜条与地面接触，棚室栽培的要注意通风降湿；发病初期喷药防治，药剂同疫病。
