辣椒的主要病害包括猝倒病、立枯病、病毒病、疫病、灰霉病、软腐病、炭疽病、青枯病、枯萎病、晚疫病、褐斑病、小叶病、根腐病、叶枯病、叶斑病、疮痂病、日烧病、脐腐病及生理性三落病等。主要虫害有蚜虫、茶黄螨、烟青虫、斑潜蝇、白粉虱、棉铃虫、小地老虎、蝼蛄、蛴螬等。
辣椒病毒病的防治可选用病毒唑、盐酸吗啉胍等药剂，配合芸苔素兑水喷施，也可使用氨基寡糖素、菌毒清、新植霉霉素、植病灵或宁南霉素加三十烷醇，每隔7天喷施一次，连续2-3次。同时，根据蚜虫发生情况，选择啶虫脒、吡虫啉、吡蚜酮等药剂防治蚜虫，以切断病毒传播途径。
