1、清理菌源：及时打捞杂物可有效减少菌源。在翻耕、灌水时，有很多杂物漂浮于水面之上，其中就有很多的菌核混在其中。可以集中打捞这些杂物，集中处理，铲除田边的杂草，减少菌源的，从而减轻前期发病程度。
2、肥水管理：高温高湿天气，肥水管理尤为重要。氮磷钾这三种元素一定要配合施用，切忌偏施;同时合理结合农家肥、化肥、长效肥、速效肥。在灌水方面，如果长期深灌，长期湿度较高，要做到“排灌合理，控水控病”。以浅水发根、薄水养胎、湿润长穗为农事要求。晒田要在分蘖末期至拔节前进行，随之在后期完善排灌体系，做到能灌能排，实行干干湿湿管理。深泥田、冷浸田、肥田要重晒;沙性田则轻搁，稻苗旺、封行早的田要分次搁。
3、合理用药：目前针对纹枯病，实验效用最佳的是井冈霉素。在仔细搞清楚田间病况的情况下，尽量在病症爆发前、至少在发病初期用药。选用井冈霉素水剂兑水在浅水田间喷雾，分两次进行。第一次将药喷到水稻茎杆基部，以提高药效，第二次全部喷洒。
