生菜的主要病虫害包括霜霉病、软腐病、灰霉病、菌核病、褐斑病、白粉病、黑腐病、炭疽病、病毒病、地老虎、蛴螬、小菜蛾、菜青虫、蚜虫、斑潜蝇、红蜘蛛、蓟马、甘蓝夜蛾、斜纹夜蛾等。
霜霉病是生菜生产过程中的主要病害，病斑呈浸润半透明状，伴有褐色的粘稠物，最后导致整个种球腐烂。防治上要加强栽培管理，合理密植，适度增加中耕次数，降低田间湿度；适时浇水追肥。若发现病株及时拔除并带出集中烧毁，同时喷施金雷、72.2%普力克液剂等针对性药剂进行防治。
软腐病是细菌性病害，主要在生菜生长后期或结球期发作，病株腐烂并有臭味。防治措施包括翻耕整地，利用太阳杀菌，加强肥水管理，施用有机肥，提高抗病力，注意雨后排水，以免田间积水导致根系受损。可用72%农用链霉素可溶性粉剂3000-4000倍液进行防治。
灰霉病是真菌性病害，主要危害生菜的叶片部位，发病时叶片出现浅黄色病斑，在潮湿环境下叶背出现霜霉状霉层，严重时会蔓延至叶面，到了病情后期，叶片枯死。
菌核病是保护地生菜十分重要的真菌性病害，老菜区发生普遍，本病主要为害茎基部，初病部为黄褐色水浸状，逐渐扩展至整个茎部发病。
此外，生菜的病害还有病毒病、干腐病、顶烧病等；虫害主要有潜叶蝇、白粉虱、蚜虫、蓟马等。
