芝麻的病虫害种类较多，主要包括枯萎病、青枯病、立枯病、疫病、病毒病、叶斑病、茎点枯病、小地老虎、蚜虫、甜菜夜蛾、芝麻天蛾、盲蝽、芝麻荚野螟、蓟马、潜叶蛾、斑潜蝇、飞虱等。其中，发生最多、为害最重的主要是芝麻茎点枯病、枯萎病、病毒病和叶斑病。茎点枯病和枯萎病造成大量死苗，病毒病引起萎蔫至死亡，叶斑病导致植株早衰、落叶，影响高产潜力的发挥和粒重的提高。
危害中国芝麻的主要害虫有小地老虎、蚜虫、甜菜夜蛾。芝麻立枯病在幼苗期最常发生，发病后茎部产生深色病斑并逐渐蔓延。芝麻根腐病主要危害植株的茎基部。芝麻花叶病主要危害叶片。芝麻角斑病在任何时期都可发病，但多集中在幼苗期。
无公害农产品产地应选择在工矿企业区5公里以外、远离医院，无或不直接受工业“三废”及农业、城镇生产、医疗废弃物污染的农业生产区域，上风。
