根腐病主要为害根茎部和根部。发病初期病部呈褐色至黑褐色，逐渐腐烂，后期外皮脱落，只剩下木质部，剖开病茎可见维管束褐变。湿度大时病部长出一层白色至粉红色菌丝状物，地上部叶片发黄或枝条萎缩，严重的枝条或全株枯死。
枸杞根腐病也叫烂根病、死根病，主要危害枸杞的根茎部和根部。枸杞患病后，先是在根茎部或根部产生不定型的病斑，病部呈褐色或黑褐色，逐渐腐烂后，根部外皮脱落，露出木质部，剖开病茎可见维管束变为褐色。病株外观表现为叶片发黄、萎垂。挖起病株剖检根、茎部，可见患部变褐至黑褐色，有的皮层腐烂、脱落，露出木质部。根茎内部维管束亦变褐。潮湿时患部表面有时出现白色至粉红色粉霉病征（病菌分生孢子梗分生孢子）。
