辣椒白绢病的防治方法主要以农业防治和化学防治为主。首先实行轮作，早施增施尿素等铵态氮肥，因铵态氮肥释放出来的氨气能抑制菌核萌发，阻碍菌核生长。发现病株及时拔除，在病穴施用石灰灭菌有一定效果，将病株带出田外集中烧毁，以控制病害传播蔓延。最后再发病期结合化学药剂进行防治。
合理轮作，前茬发病较重的田块可与禾本科作物进行2-3年轮作，以降低土壤中白绢病病菌残留。并在辣椒种植前深翻整地、曝晒一段时间，以有效杀死土壤中白绢病病菌、减少对辣椒造成为害。在辣椒生长期间施肥以腐熟有机肥为主，适当追施硫酸铵、尿素、硝酸钙等含氮肥料，提高土壤中N的含量、可抑制白绢病核的萌发。配合在辣椒开花前、幼椒期、膨大期喷施辣椒壮蒂灵，以激活植物生态生长正能量、拓宽植物导管路径，提升植物吸水吸肥力度，促使辣椒快速膨大发育、高产优产。
及时检查，发现田间染病植株及时在菌核形成前拔除，并在病穴处撒上石灰消毒。发病初期全园喷施针对性药剂防控，可与新高脂膜混合使用，以控制农药挥发飘逸、防小雨水冲刷，降低每亩用药量(减半)，提高防治效果(多倍)。
在病初向病株基部洒施45%代森铵800～1000倍液。隔7～10天后再洒施药1次。或用70%五氯硝基苯7.5千克／公顷加湿润细土225～375千克，撒施病株基部，用药150～22.5千克/公顷。隔14天撒1次，连续2次。发病田块实行与非茄科作物轮作。其次，在发病后，可用40%五氯硝基苯悬浮剂400倍液，或36%甲基硫菌灵悬浮剂500倍液，或50%代森铵水剂1000倍液，每7～10天喷1次，连续喷2～3次。
