种植密度大、通风透光不好，氮肥施用太多，生长过嫩，发病重。田间病残体多易发病，土壤疏松、偏酸、腐殖质多的田块易发病。肥料未充分腐熟、有机肥带菌或肥料中混有作物病残体的易发病。地势低洼积水、排水不良、土壤潮湿易发病，高温、高湿、多雨易发病；特别是大雨过后猛然骤晴，气温急剧升高，病害发展迅猛。地老虎、根结线虫多的棉田发病重。
该病的发生与温湿度密切相关，地温20℃左右开始出现症状，地温上升到25～28℃出现发病高峰，地温高于33℃时，病菌的生长发育受抑或出现暂时隐症，进入秋季，地温降至25℃左右时，又会出现第二次发病高峰。夏季大雨或暴雨后，地温下降易发病。地势低洼、土壤粘重、偏碱、排水不良或偏施、过施氮肥或施用了未充分腐熟带菌的有机肥或根结线虫多的棉田发病重。土壤温度20℃时开始发病，25-30℃时发病最有利，达到33—35℃病情减轻，在9月份以后形成二次发病高峰。土壤湿度和该病的发生关系更密切，如果棉花出苗后，遇到几次大的降雨，土壤湿度大，地温降低，通气不良，不利于棉花根系发育，常引起棉花枯萎病爆发。
