自地表部位往下，根部变为黄褐色，呈软腐状，发病中后期一拔即断，地上部位萎焉，直至最后死亡。该病多发生于秋末，多发于低洼、潮湿的地块。香菜根系发病后，主根呈黄褐或棕褐色，软腐，没有或几乎没有须根，用手一拔植株根系就断，地上部表现植株矮小，叶片枯黄，失去其商品性。香菜田间发生根腐病大多表现在播种后出苗慢或者出苗不齐，出苗后的幼苗生长速度较慢，此时田间湿度多大，田间会发生成片死苗的现象，挖出死苗其根部发生褐色腐烂。香菜成株期也有发生，香菜植株茎基处有水浸状病斑，随后病斑逐渐扩大，根部腐烂，植株直接枯死。
该病主要以分生孢子器或子囊壳随病残体存在于干土中或架材上，条件适宜时靠灌溉水、雨水、露水传播蔓延，从伤口、自然孔口侵入，种子也可带菌，引起发病。由于根腐病危害的是根部，受此病害所危害的作物根部颜色从原有的绿色变成黄褐色或者棕褐色，逐渐出现腐烂的状况，几乎没有须根，用手轻轻的一拔就断了。
1.选取香菜品种时，选抗病能力强、抗逆性好、适区域、适季节的优质高产品种。
2.尽量不要在连作田块种植。对于连年种植香菜，采取轮作换茬种植，进行水旱轮作效果更佳。
3.药剂防治以土壤处理为主，可用多菌灵1千克拌土50千克，播前撒于播种沟内，在易发病地块可用多菌灵600倍液灌根。