番茄脐腐病发生的直接原因是果实膨大期间，特别是开花后供给钙素不足所致。土壤过干、地温过高、氮肥过多及酸性土壤均使根系对钙的吸收受阻，都能引起此病的发生。该病属于一种生理病害，一般认为是由于缺钙引起，即植株不能从土壤中吸收足够的钙素，加之其移动性较差，果实不能及时得到钙的补充。
脐腐病的发生期是在开花后的12-15天，这一时期果实体积增长相对较快，对钙的需求量较大，容易引起局部缺钙，导致脐腐病的发生。水分供应失调也是重要原因之一，生育期间水分供给不均或不稳定，尤其干旱情况下，或根系吸水能力弱时，或忽旱忽湿，水分供给失衡，果脐部争夺不到水分使其生长发育碰壁，导致果实大量失水，果肉坏死，形成脐腐。干旱条件下喷洒波尔多液发病重。
光照弱、生产时间长、土壤含水量高也会引起脐腐病。施肥不当，如施用未经腐熟的有机肥、肥料使用过多、距根系太近，引起烧根，使根系吸水受抑制，造成生理缺水，这也是发生脐腐病的重要因素。田间管理不善，如耕深不够、松土层过浅、土壤板结，使根系难以下扎伸展，影响水分吸收。前期浇水过多，坐果期干旱缺水，中耕松土不及时等，都会造成水分失调。高温、大风天打叉，伤流过多也容易引起生理缺水导致发病。沙质土壤或黏重土壤易发病。
所以，番茄的脐腐病主要跟钙有关。
